Omicron a tout d'abord été signalé le 25 novembre 2021. Même après plusieurs vagues de la pandémie, à un moment où une proportion considérable de la population était vaccinée ou avait une immunité naturelle, omicron possède toujours un effet mondial. Il a d’abord été séquencé sur une affaire de Botswana et, peu après, des cas ont été trouvés chez les gens voyageant de l’Afrique du Sud. Les préoccupations autour d’Omicron sont centrées sur quatre sujets : le nombre de mutations ; sa transmission ; sa détection auprès des tests en laboratoires ; et l’efficacité des vaccins contre celui-ci.
Omicron possède un total de 18261 mutations dans le génome [1] et environ trente de ces mutations sont reliées à la protéine de pointe*. Nous savons que les virus peuvent changer avec le temps. Ils sont continuellement en mutation et, si une certaine mutation le permet de “survivre” ou de se propager rapidement, ainsi, ce virus muté peut être transmis. Quelques mutations dans le génome Omicron sont toujours présentes dans d’autres variants SARS-CoV-2, comme alpha, bêta, gamma ou delta. Certaines mutations ont déjà un effet connu, cependant, d’autres mutations devront être étudiées davantage [2].
Certaines des mutations permettent au Omicron d’avoir un haut niveau de transmission, expliquant donc la rapidité du partage des cas Omicron à travers le monde.
De plus, un test spécifique RT-PCR (Test Thermo Fischer TaqPath COVID-19) avait de la difficulté à détecter l’Omicron en raison de “Échec de la cible du gène S” [3]. Cela signifie que le test RT-PCR avait de la difficulté à reconnaître la présence du virus en raison des différences dans le gène S. En revanche, il devrait être noté que plusieurs autres plateformes de tests RT-PCR n’ont pas été affectées puisqu’elles ciblaient d’autres gènes ou elles ciblaient plus qu’un gène de SARS-CoV-2. De plus, même si le gène S n’était pas détecté, le gène N ou le gène ORF1ab pourrait être identifié [4].
Un autre problème est que l’efficacité du vaccin ARNm a diminué, possiblement en raison de l’immunité décroissante et/ou des mutations Omicron l’aidant à “s’échapper” de notre système immunitaire. En effet, les vaccins ARNm forment notre système immunitaire à reconnaître et à combattre la protéine à pointe, mais ce nouveau pic Omicron semble un peu différent. Ainsi, si le pic change, notre corps est moins équipé pour identifier et combattre le virus. Cela compromettrait nos efforts pour combattre ce nouveau variant. Pour plus d’informations sur comment notre système immunitaire reconnaît les pathogènes, vous pouvez visionnez cette vidéo (en anglais).
Malgré les mauvaises nouvelles, il y a tout de même de bonnes nouvelles. Une évidence préliminaire a indiqué que l’Omicron pourrait causer des symptômes moins sévères - partiellement parce qu’il a de la difficulté à infecter les cellules des tissus pulmonaires [5]. En outre, l’amplificateur pourrait aider à prévenir des cas sévères et modérés de COVID-19. Globalement, bien que la deuxième dose de vaccin pourrait avoir une efficacité moindre contre Omicron, une dose de rappel peut augmenter l’efficacité et aider à prévenir l’hospitalisation [6].
Dans un contexte de pandémie, recevoir les nouvelles du troisième dose peut être décourageant. On a dit aux gens que les deux doses aideraient à les protéger contre SARS-CoV-2… Et ils le font toujours! La nécessité d’un rappel pour Omicron est la preuve que les vaccins fonctionnent ; autrement, une troisième dose du même composé ne ferait aucune différence. Le problème est que nous faisons continuellement face à de nouvelles pressions et défis sous formes de virus mutés. De la même manière que le virus de la grippe mute chaque année (donc nous avons besoin d’un vaccin nouveau contre la grippe chaque année), SARS-CoV-2 continue à évoluer et notre réponse face à la COVID-19 a aussi besoin de changer.
*Protéines - une molécule qui forme la structure et donne la fonction aux organes au niveau le plus simple. Les protéines consiste en acide aminés, pouvant être combinés en différentes séquences afin de former un différente structure de protéine avec différentes fonctions dans les cellules.
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Écrit par : Nicole
Édité par : María et Natasha
Traduit par: Emmanuelle
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Références (en anglais):
Araf, Y., et al. (2022) “Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines”, Journal of Medical Virology, pp. 1-8. Available at: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jmv.27588
Salim, S., et al. (2021) “Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic”, Lancet (398), pp. 2126-2128. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8640673/
Ferré, V. et al. (2022) “Omicron SARS-CoV-2 variant: What we know and what we don’t”, Anesthesia Critical Care & Pain Medicine, 41(1), p. 100998. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8660660/
Brown, K. et al. (2021) “S-Gene Target Failure as a Marker of Variant B.1.1.7 Among SARS-CoV-2 Isolates in the Greater Toronto Area, December 2020 to March 2021”, JAMA, 325(20), p. 2115. Available at: https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2778599
U. et al. (2022) Omicron’s feeble attack on the lungs could make it less dangerous, Nature.com. Available at: https://www.nature.com/articles/d41586-022-00007-8 (Accessed: 2 March 2022).
Thompson, M. et al. (2022) “Effectiveness of a Third Dose of mRNA Vaccines Against COVID-19–Associated Emergency Department and Urgent Care Encounters and Hospitalizations Among Adults During Periods of Delta and Omicron Variant Predominance — VISION Network, 10 States, August 2021–January 2022”, MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report, 71(4), pp. 139-145. Available at: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/71/wr/mm7104e3.htm (Accessed: 2 March 2022).
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